始建于1936年，前身系前苏联红十字会、红半月医院，1956年移交中国政府，是一所集医疗、教学、科研、急救（120）为一体的国家三级甲等医院，是新疆医科大学和石河子大学教学医院。2019年12月挂牌南京医科大学附属伊犁州友谊医院，2020年10月挂牌成立江苏援建伊犁州临床医学研究院，2021年3月与自治区人民医院建立“医疗联合体”。
编制床位1500张，老院区占地64.5亩，边合区院区占地141亩。伊犁州临床医学研究院设在边合区院区，主要是开展临床医学研究、规范培养临床医学人才、协同创新、技术推广、成果转化及应用、突发公共卫生事件应急响应研究及未来技术研究的综合性研究，是我州临床医学科技创新体系的核心组成部分。
现有职工2290人，共设置科室74个。拥有17个国家级住院医师（全科医师）规范化培训专业基地，1个国家级临床药师培训基地，1个国家级医师资格考试实践技能考试基地，1个自治区级新入职护士规范化培训基地，23个自治区级临床重点专科，是全国罕见病诊疗协作网成员单位、国家PCCM科规范建设三级医院达标单位，附设新疆包虫病研究所伊犁州分所、新疆食管癌研究所伊犁州分所。依托江苏省“组团式”援疆力量，建成国家级胸痛中心、房颤中心、心衰中心、高级卒中中心，自治区级心血管诊疗中心，区域危重孕产妇救治中心、危重儿童救治中心。挂牌“王建腔镜微创工作室”、“郭永忠胃肠、包虫病工作室”、“医学影像诊断工作室”、“张嵘儿科工作室”四个“伊犁英才”工作室。尼勒克县人民医院、霍城县第一人民医院、新源县人民医院、特克斯县人民医院、伊宁县人民医院、巩留县人民医院先后挂牌伊犁州友谊医院分院，已与15家医院建立医联体，12家医院建立专科联盟，23家医院对接远程医疗服务，实现医疗资源共享。
住院医师（全科医师）规范化培训基地荣获“国家基地”及“自治区示范基地”称号，2020年获得自治区级博士后工作站资质。2020年申报新技术、新项目38项，获批自治区科研项目3项，自治州科研项目21项。举办自治区继续医学教育项目15项，远程项目3项，自治州继续医学教育项目30项。2015至2020年参与国家级项目2个，发表SCI论文10篇。2019年与南京医科大学联合举办研究生同等学力研修班，改善师资队伍的学历结构，使医院师资队伍的学历结构逐步得到改善。
近年来，通过江苏省“组团式”援疆的大力支持，医院医教研能力显著提升，为打造省级区域医疗服务中心夯实了基础。今后医院将秉着“一个中心、两项战略、三种意识”的发展思路，以打造省级区域医疗中心为目标，依托“组团式”援疆工作实现人才兴院、文化强院战略，提升质量意识、品牌意识、管理意识，持续提升医院内涵建设
